Существует проект вентиляции поликлиники. Монтажная организация выполнила работы в соответствии с проектом (проект прошел экспертизу). При осуществлении ПНР выяснилось, что системы вентиляции, например, в кабинете флюорографии, не соответствуют нормативной документации (нет воздухозабора из нижней зоны). Как в таком случае правильно составить паспорт и акт на данную систему? Ссылаясь на проект? И тогда вроде бы все нормально. Или на нормативную базу? Тогда придется указывать нарушения.

может из нижней зоны забирает другая система?
или уже существующая система?
или может проект выпущен когда ещё не было требования забирать из нижней зоны?

Проект это и есть самая нормативная база для пусконаладки, делайте по проекту и ссылайтесь на него. Защищает решение проектировщик, тем более что экспертиза пройдена.